부동산매매업자에 대한 세액계산특례규정을 적용함에 있어서 토지등 매매차익을 추계조사결정하는 경우, 토지등의 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 매매차익에서 양도소득 특별공제액등을 공제할 수 있는지의 여부(기각)

토지등 매매차익을 추계조사결정하는 경우에는 그 매매가액에서 표준소득율을 곱하여 계산한 금액인 토지등 매매차익에서 양도소득 특별공제액등을 공제하지 아니하는 것이 타당함.

1. 원처분 개요 청구인이 서울 동작구 OO동 OOOOOOOO 소재 대지 1,019.2㎡ 및 건물 4,600.47㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도하고 이에대한 자산양도차익 예정신고 납부를 이행한데 대하여 처분청은 이와는 달리 부동산매매업에 의한 종합소득세를 과세함에 있어서 92.12.16 청구인에게 91년도 귀속분 종합소득세 181,542,320원을 고지한데 이어 다시 소득세법 제82조 의 규정에 의한 부동산 매매업자에 대한 종합소득세액의 계산규정(이하 “부동산매매업자에 대한 세액 계산특례규정”이라 한다)을 적용하여 93.4.1 청구인에게 91년도 귀속분 종합소득세 164,137,400원을 추가고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.5.3 심사청구를 거쳐 93.7.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 소득세법 제82조 제2항의 규정에 의하면 “부동산매매업자로서 종합소득금액에 토지등의 매매로 인하여 발생하는 사업소득이외의 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액계산에 있어서는 다음 각호의 세액중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 한다.

1. 제70조의 규정에 의한 종합소득산출세액

2. 제92조 제2항의 규정에 의한 산출세액의 당해년도분 합계액과 종합소득과세표준에서 제92조 제1항의 규정에 의한 토지등 매매차익의 당해년도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액”으로 규정하고 있는 바, 소득세법 제92조 및 제94조의 규정에 의한 토지등 매매차익을 산출함에 있어서 같은법시행령 제169조 의 규정에 의하여 추계조사결정하는 경우에도 이를 실지조사결정하는 경우와 같이 그 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액에서 양도소득특별공제액 및 장기보유특별공제액(이하 “양도소득특별공제액등”이라 한다)을 공제하여야 함에도 불구하고 처분청이 양도소득특별공제액등을 공제하지 아니하고 매매차익을 산출하는 것은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견 소득세법시행령 제142조 제1항의 규정에 의하면 “법 제94조의 규정에 의한 토지등 매매차익과 세액의 결정은 다음 각호에 의한다.

1. 부동산매매업자가 매매차익 예정신고시 제출한 증빙서류 또는 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 제141조의 규정에 의한 토지등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사·결정한다.

2. 제169조 제1항 각호에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조의 규정에 불구하고 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우와 같이 토지등 매매차익을 추계조사결정하는 경우에는 그 매매가액에 표준소득율을 곱하여 토지등 매매차익을 산출하는 것으로 규정하고 있으며, 또한 같은법시행규칙 제67조 제2호에서 “토지등의 매매로 인하여 발생한 소득이외의 종합소득이 있는 경우에는 다음 (가) 및 (나)에 의하여 계산한 금액중 많은 금액을 그 종합소득산출세액으로 한다. (가) (매매차익 - 기타 필요경비 + 다른 종합소득금액) - 소득공제액 = 종합소득과세표준 종합소득과세표준 × 기본세율 = 종합소득산출세액 (나) [(매매차익 - 양도소득공제 - 법 제68조 제2항의 규정에 의한 소득공제액) × 법 제70조 제3항 각호의 규정에 의한 세율] + [(다른 종합소득금액 - 소득공제액) × 기본세율] = 종합소득산출세액”으로 규정하고 있음을 볼 때, 토지등 매매차익을 추계조사결정하는 경우에는 그 매매가액에서 표준소득율을 곱하여 계산한 금액인 토지등 매매차익에서 양도소득 특별공제액등을 공제하지 아니하는 것이 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 부동산매매업자에 대한 세액계산특례규정을 적용함에 있어서 소득세법 제94조 및 같은법시행령 제142조 의 규정에 의한 토지등 매매차익을 추계조사결정하는 경우, 토지등의 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 매매차익에서 양도소득 특별공제액등을 공제할 수 있는지의 여부에 있다.

나. 심리 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산의 매매로 인하여 발생한 사업소득이외의 종합소득이 있는 경우에 해당되며, 이 건 심판청구와 관련하여서는 쟁점부동산의 매도에 대하여 처분청이 청구인에게 부동산매매업으로 과세하는 것에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 소득세법 제82조 제2항의 규정에 의하면 “부동산매매업자로서 종합소득금액에 토지등의 매매로 인하여 발생하는 사업소득 이외의 종합소득이 있는 자에 대한 종합소득에 대한 세액의 계산에 있어서는 다음 각호의 세액중 많은 금액을 종합소득산출세액으로 한다.

1. 제70조의 규정에 의한 종합소득산출세액

2. 제92조 제2항의 규정에 의한 산출세액의 당해년도분 합계액과 종합소득 과세표준에서 제92조 제1항의 규정에 의한 토지등 매매차익의 당해년도분 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 기본세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액”으로 규정하면서, 같은법시행규칙 제67조 제2호에서는 “토지등의 매매로 인하여 발생한 소득 이외의 종합소득이 있는 경우에는 다음 (가) 및 (나)에 의하여 계산한 금액중 많은 금액을 그 종합소득산출세액으로 한다. (가) (매매차익 - 기타 필요경비 + 다른 종합소득금액) - 소득공제액 = 종합소득과세표준 종합소득과세표준 × 기본세율 = 종합소득산출세액 (나) [(매매차익 - 양도소득공제 - 법 제68조 제2항의 규정에 의한 소득공제액) × 법 제70조 제3항 각호의 규정에 의한 세율] + [(다른 종합소득금액 - 소득공제액) × 기본세율] = 종합소득산출세액”으로 규정하고 있다. 한편 같은법 제92조 제1항의 규정에 의하면 “부동산매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다”고 규정하면서 같은법시행령 제141조 제1항 본문에서는 “법 제92조 제1항에 규정하는 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것으로 한다고 규정하고 제4호에서 “제46조에 규정하는 양도소득특별공제액에 상당하는 금액 제5호에서 “법 제23조 제2항 제2호에 규정하는 장기보유특별공제액으로 규정하고 있으며, 같은법시행령 제142조 제1항에서는 “법 제94조의 규정에 의한 토지등 매매차익과 세액의 결정은 다음 각호에 의한다.

1. 부동산매매업자가 매매차익 예정신고시 제출한 증빙서류 또는 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 제141조의 규정에 의한 토지등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사·결정한다.

2. 제169조 제1항 각호에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조의 규정에 불구하고 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는 바, 토지등의 매매차익을 실지조사결정에 의하여 산출하는 경우와 추계조사결정에 의하여 산출하는 경우로 구분하면서 그 매매차익을 실지조사결정 하는 경우에는 그 매매가액에서 양도자산의 필요경비등을 비롯하여 양도소득 특별공제액등을 공제하는 것임에도 불구하고 추계조사결정하는 경우에는 단순히 그 매매가액에 표준소득율을 곱하여 매매차익을 산출함을 알 수 있으며, 같은법시행규칙 제67조 의 규정에서도 매매차익에서 양도소득공제액은 공제하는 것으로 규정되어 있으나 양도소득 특별공제액등의 공제에 대하여는 규정되어 있지 아니함을 알 수 있다.

(3) 이와 같은 관련규정등을 모두어 볼 때, 부동산매매업자에 대한 세액계산특례규정을 적용함에 있어서 이 건의 경우와 같이 소득세법 제94조 및 같은법시행령 제142조 의 규정에 의하여 토지등 매매차익을 추계조사결정하는 경우에는 그 매매차익을 소득세법시행령 제141조 의 규정에 불구하고 토지등의 매매가액에 표준소득율을 곱하여 산출하도록 규정하고 있으며, 실지조사결정하는 경우와는 달리 그 매매가액등에서 양도소득특별공제등을 공제할 수 있는 근거규정도 없으므로 그 매매차익에서 양도소득 특별공제액등을 공제할 수 없다고 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.