응급의료정보센터 보조금은 법인세 대상인가요?

의료업을 영위하는 비영리법인이 응급의료정보센터를 보건복지부로부터 위탁받아 운영한다. 국가 등으로부터 정보센터 운영비 또는 응급의료기관 지원비 명목의 보조금을 받는다.

비영리법인이 응급의료정보센터를 수탁 운영하면서 지급받은 운영비 보조금은 과세대상이 아니며 수익 및 비수익과는 별도로 구분경리 대상임

의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은 법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유 업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분 경리하여야 하는 것입니다.

다만, 당해 비영리법인이 같은 법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출․사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는 것입니다.

질의

응급의료정보센터를 수탁 운영하는 비영리법인이 지급받는 보조금의 법인세 과세 여부.

회답

의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은 법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유 업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분 경리하여야 하는 것입니다.

다만, 당해 비영리법인이 같은 법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출․사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는 것입니다.

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-472 (2006.03.07 회신), "응급의료정보센터 보조금은 법인세 대상인가요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000136487/