종합부동산세 면제여부(기각)

연구기관의 종사와 그 가족들 및 일반인(평일)의 복지·체력증진을 목적으로 골프장등 체육시설을 일반인에게도 개방하여 수익사업을 운영하는 경우는 고유목적사업에 사용한다고 보기 어려워 종부세 면제 불가함.

1. 처분개요

청구법인은 1994. 8. 12. OOOOO OOO OOOO내에서민법 제32조및 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제4조의 규정에 의하여 설립된 재단법인으로 법인명칭이 재단법인 OOOOOOOOOOOO였다가 2005. 8. 31. OOOOOOOO 등의 육성에 관한 특별법에 의하여 OOOOOOOO의 육성을 통하여 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고 활성화하여 연구개발성과의 사업화와 창업을 지원하기 위하여 새로이 재단법인 OOOOOOOOOOOO로 변경설립되었으며 청구법인이 소유한 OOOOO OOO OOO OOOOO외 전 11필지 693,243.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 종합부동산세 242,019,830원, 농어촌특별세 48,403,960원, 합계 290,423,790원을 2005. 12. 15 신고납부하였다가 쟁점토지에 대한 종합부동산세가 면제되는 것이라 하여 2005. 12. 15. 처분청에 종합부동산세를 경정청구하였으나 2006. 3. 24. 처분청이 이를 거부하였다.청구법인은 이에 불복하여 2006. 6. 16. 이 건심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은특정기관육성법 제8조,동법시행령 제12조및 공익법인의 설립운영에 관한 법률 제4조에 의하여 정부의 인가를 받아 설립한 법인으로 청구법인의 사업목적은 OOOOOOOO 등의 육성에 관한 특별법에 따른 OOOOOOOO의 육성을 통하여 특구내에 있는 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고 상호협력을 활성화하며, 연구개발성과의 사업화 및 창업을 지원함으로써 국가과학기술혁신과 국민경제발전에 기여함을 목적으로 하는 것으로 법인등기부상 나타나 있으며

(2) 2005. 1. 5. OOOOOOO으로부터 청구법인이지방세법 제288조에 의한 “OOOOOOOO”에 해당한다는 유권해석을 받은 바 있어 쟁점토지에 대한 재산세가 면제됨에도 담당직원들이 재산세 업무에 미숙하여 고지된 재산세 45,665,720원을 납기내인 2005. 7. 22. 납부하고, 2005. 12. 15. 종합부동산세를 신고납부한 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

종합부동산세법 제6조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정은 종합부동산세에서 준용하도록 규정하고 있으나 청구법인은 이 건 심판청구제기 시까지 쟁점토지에 대한 재산세를 감면받은 사실이 없으므로 종합부동산세를 감면할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가지방세법 제288조제2항에 규정된 “OOOOOOOO가 그 고유업무에 직접사용하는 부동산”에 해당하여 종합부동산세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1)종합부동산세법 제6조【비과세 등】

① 지방세법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

②지방세법 제7조내지 제9조의 규정에 의한 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

(2)지방세법 제288조【사회단체등에 대한 감면】

② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체ㆍ문화예술단체ㆍ체육진흥단체ㆍ청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(3)특정연구기관육성법 제8조(공동이용시설등) ①특정연구기관은 합동하여 공동이용시설을 설치할 수 있다.

②제1항의 규정에 의한 공동이용시설의 설치·관리 및 운영에 관한 업무와 특정연구기관상호간의 관련사업을 행하게 하기 위하여 과학기술처장관의 승인을 얻어 공동관리기구를 설치할 수 있다.

③제2항의 규정에 의한 공동관리기구의 명칭·기능·조직과 운영에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4)특정연구기관육성법시행령 제12조(공동관리기구의 명칭) 공동관리기구의 명칭은 "연구개발특구지원본부"라 한다.

(5) 공익법인의설립운영에 관한 법률 제4조 (설립허가기준) ①주무관청은민법 제32조의 규정에 의하여 공익법인의 설립허가신청이 있는 때에는 관계사실을 조사하여 재단법인에 있어서는 출연재산의 수입, 사단법인에 있어서는 회비·기부금등으로 조성되는 재원의 수입(이하 각 "기본재산"이라 한다)으로 목적사업을 원활히 달성할 수 있다고 인정되는 경우에 한하여 설립허가를 한다.

②주무관청은 공익법인의 설립허가를 함에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 회비징수, 수혜대상에 관한 사항 기타 필요한 조건을 붙일 수 있다.

③공익법인은 목적달성을 위하여 수익사업을 하고자 할 때에는 정관이 정하는 바에 따라 사업마다 주무관청의 승인을 받아야 한다. 이를 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

(6) OOOOOOOO 등의 육성에 관한 특별법(2005.12.31.개정)제1조 (목적) 이 법은 연구개발특구의 육성을 통하여 그 지역에 있는 대학·연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하고, 상호협력을 활성화하며, 연구개발 성과의 사업화 및 창업을 지원함으로써 국가기술의 혁신 및 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.제48조 (사업) ①지원본부의 사업은 다음과 같다.

1. 특구의 개발과 관련된 다음 각목의 사업가. 토지·건물, 연구개발관련 시설과 기자재의 취득·개발·비축·관리·공급 및 임대나. 용수·에너지·정보통신·교통 및 유통시설 등 기반시설의 설치다. 학교와 병원 등 특구의 생활환경개선을 위한 교육·문화·체육·복지시설의 유치 및 설치라. 연구개발성과물의 전시·홍보, 과학기술인식 제고를 위한 시설의 설치 및 유치

2. 특구 안에서의 연구개발과 그 사업화를 촉진하기 위한 다음 각목의 사업가. 특구연구개발사업의 추진 지원나. 대학·연구소 및 기업 사이의 교류증진다. 지적재산권 관리에 대한 지원라. 교수·연구원 등에 대한 창업지원마. 사업화 관련사업에 대한 지원바. 연구개발 전문 인력 및 사업화 지원 인력 양성 및 교육사. 기업 등에 대한 경영지원 서비스 제공

3. 특구와 관련된 다음 각목의 투자유치사업가. 국내외 투자유치와 이를 위한 마케팅 및 홍보나. 국내외 투자자에 대한 상담·안내·홍보·조사와 민원사무의 처리대행 등 종합적 지원다. 그 밖에 내국인과 외국인 투자지원을 위하여 필요한 사항

4. OOOOOOO이 정하는 수익사업

5. 그 밖에 OOOOOOO, 관계중앙행정기관의 장 또는 관할 지방자치단체의 장이 위탁하는 업무제58조 (자금의 조달) 지원본부는 제48조의 규정에 따른 사업을 수행하기 위하여 필요한 자금을 다음 각호의 재원으로 조달한다.

1. 정부 또는 정부 아닌 자의 출연금 또는 보조금

4. 수익사업의 수익금

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 2005. 12. 15 아래 < 표1 >의 “쟁점토지”에 대하여 2005년도 종합부동산세 242,019,830원, 농어촌특별세 48,403,960원, 합계 290,423,790원을 신고납부하였다가 착오에 의한 신고납부를 사유로 2005. 12. 15. 처분청에 종합부동산세 경정청구를 제출하였으나 처분청이 경정청구를 거부하였음이 청구법인의 종합부동산세 자진신고납부계산서, 경정청구서, 경정청구거부통지서 등에 의하여 확인된다.쟁점토지명세< 표1 > (OO O O, O)

(2) 청구법인은 쟁점토지상에 OOOO에 입주한 연구기관의 종사자와 그 가족들 및 일반인(평일)의 복지·체력증진을 목적으로 아래 < 표2 >와 같은 보육원(일반인은 이용 금지), 스포츠센타, 체육공원 등 체육시설을 운영하고 있고 그 수지계산이 아래 < 표3 >과 같음이 청구법인에 제시한 체육시설운영현황에 의하여 확인된다.

< 표2 >

아 래(OO O O)O O OOOOO OOOOOOOO OOOOO OOOOOO OOOO OOOO OO O OOOOO OOO OOO OOO O OOOO OOO OOOO OOO OOOOO O OOOOOOOOO O OOOO OOOOO OOOOO O OOOOOOO OOOOOOO OOO OO OO OO OOO OO OO< 표3 > 수지계산서(OO O O)(3)지방세법 제288조제2항에 의하면 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 기술진흥단체가 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공통시설세를 면제하도록 규정하고 있고,종합부동산세법 제6조제1항에 지방세법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용도록 규정하고 있다.

(4)청구법인이 2005. 1. 4. 및 2006. 9. 4. OOOOOOOO에 해당하는지와 청구법인의 체육시설운영사업이 “고유목적사업”에 해당하는지에 대하여 OOOOOOO은 2005. 1. 5. 및 2006. 9. 24. 청구법인이 OOOOOOOO에 해당하고, 청구법인의 체육시설운영사업은 “OOOOOOOO 등의 육성에 관한 특별법” 제48조(사업)에 따라 운영하고 있는 고유목적사업에 해당하며, 동 시설을 일반인에게 개방하고 이용료를 받는다고 하더라도 이는 연구기관종사자 등의 이용에 저해가 되지 않는 범위 내에서 시설의 운영비를 보조하고 시설을 효율적으로 운영하기 위한 것이므로 수익사업이 아닌 고유목적사업에 해당하는 것이라고 유권해석을 하고 있음이 청구법인과 OOOOOOO 사이에 주고받은 공문에 의하여 확인된다.

(5)지방세법 제288조의 ‘사회단체 등에 대한 감면 규정’에 의하여 OOOOOO가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세와 등록세 및 재산세를 면제하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 2004. 12. 30. OOOOO OOO OOO OOOOOO 6,611.9㎡(취득가액 5,170,505,800원)를 취득한데 대하여 OOOOO이 취득세를 부과하자 이에 불복하여 행정자치부에 2005. 8. 3. 행정심판을 청구하였으나 2005. 9. 26. 청구법인의 주 목적사업은 과학기술 등을 위한 개발사업이 아니라 OOOOOOOO 내의 공동이용시설의 설치·관리운영과 연구기관 직원들의 복리증진·후생시설의 설치·관리운영 등이 주 목적사업이라고 보아야 하므로 비록 OOOOOOO이 청구법인을 OOOOOO라고 해석하였다 하더라도 이 사건 토지에 대한 취득세 등은 과세면제대상에서 제외되는 것이 타당하다는 사유로 기각하였으며, 이에 불복하여 2005. 12. 30. 제기한 행정소송에서 OO지방법원 행정부는 ‘청구법인이 취득세 감면신청을 제출하였다는 증거가 없으며, 감면여부결정은 취득세 등의 부과처분을 하기 위한 전 단계에 불과하므로 청구법인이 취득세 등의 부과처분자체를 다투지 아니하고 부과처분의 전단계인 감면거부처분을 다투는 것은 다툼의 실익이 없으므로 각하 한다’고 판결(OOOOOOOOO, OOOOO OO OO)하여 항소 중에 있음이 청구법인이 제시한 판결문 등에 의하여 확인된다.

(6)청구법인은지방세법 제288조에 의한 “OOOOOOOO”로 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 공하고 있음에도 쟁점토지에 대한 종합부동산세를 부과함은 부당하다는 주장이고, 처분청은종합부동산세법 제6조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정은 종합부동산세에서 준용하도록 규정하고 있으며, 청구법인은 이 건 심판청구제기 시까지 쟁점토지에 대한 재산세를 감면받은 사실이 없으므로 종합부동산세를 과세한 처분은 정당하다는 주장에 대하여 본다.OOOOOOO의 유권해석에 따르면 청구법인은 OOOOOOOO로 청구법인이 운영하는 체육시설을 일반인에게 개방하고 이용료를 받는다고 하더라도 이는 연구기관종사자 등의 이용에 저해가 되지 않는 범위내에서 시설의 운영비를 보조하고 시설을 효율적으로 운영하기 위한 것으로 “OOOOOOOO등의육성에관한특별법” 제48조(사업)에 따라 운영하고 있는 고유목적사업이라고 유권해석을 하고 있으나, 위 유권해석은 위 특별법의 입안 등을 관장하고 있는 주무 행정부서인 OOOOOOO의 소관 법률에 대한 행정해석일 뿐이므로 세법을 해석·적용함에 있어서는 위 행정해석을 참작할 수는 있되 이에 구애됨이 없이 세법 고유의 입법목적에 따라 독자적으로 판단할 수 있는 것인바, 청구법인의 주 목적사업은 과학기술 등을 위한 개발사업이 아니라 OOOOOOOO 내의 공동이용시설의 설치, 관리, 운영과 연구기관 직원들의 복리증진, 후생시설의 설치, 관리 운영 등이 주 목적사업이라고 보아야 할 것이고, 청구법인이 사업손실을 보충한다는 사유가 있기는 하지만 골프장 등 체육시설을 일반인에게도 개방하여 수익사업을 운영하고 있어 쟁점토지를 고유목적에만 사용한다고 보기는 어려운 측면이 있고,종합부동산세법 제6조제1항에 “지방세법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한

규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.”고 규정하고 있는 바, 심판청구일 현재까지 쟁점토지에 대한 재산세가 면제되지 아니한 점 등을 종합하여 보면 처분청이 쟁점토지에 대한 종합부동산세의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.