세무조사결과통지가 과세전적부심사의 대상인지 여부(각하)

불복청구 결정의 재조사 결과에 따른 통지를 과세전적부심사 대상에서 제외하고 있고, 청구인이 송달받은 세무조사결과통지서는 이의신청결정에 재조사를 한 결과를 통지한 것이어서 이는 과세전적부심사의 대상에서 제외함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.5.1. 개업하고 OOO에 쇼핑상가(지상 23층 지하 10층, 이하 “쟁점상가”라 한다)를 신축하여 ‘OOO’라는 상호로 부동산 임대업 등을 영위하는 바, 2001년 1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 1,624,385,552원(이하 “쟁점1세금계산서”라 한다), 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 1,144만원(이하 “쟁점2세금계산서”라 한다)의 각 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하였다.

나. OOO세무서장은 청구인에 대하여 개인제세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점1세금계산서 중 1,068,580,017원 부분은 실제 공급시기가 2000년 2기 부가가치세 과세기간이어서 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이고, 쟁점2세금계산서는 실지거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서이며, 쟁점1세금계산서 중 나머지 555,805,535원 부분은 실제 공급시기와 동일한 부가가치세 과세기간이지만 지연하여 교부받은 세금계산서임을 확인하여 처분청에 결정결의안을 통보하였고, 처분청은 쟁점1세금계산서 중 1,068,580,017원 부분과 쟁점2세금계산서의 매입세액을 불공제한 후, 쟁점1세금계산서 중 나머지 555,805,535원에 대하여 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하여 2005.8.8. 청구인에게 2001년 1기 부가가치세 214,055,850원(이하 “쟁점1처분”이라 한다)을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2005.11.7. OOO지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, OOO세무서장은 ‘쟁점1세금계산서는 OOO로부터 공급받은 용역의 내역, 청구인과 OOO가 함께 작성한 관리용역계약서의 내용, 청구인이 2000년 2기～2001년 1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO에 지급한 금액의 내역 등을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’라는 OOO지방국세청장의 이의신청결정에 따라 재조사한 결과, 쟁점1세금계산서 전체가 재화·용역의 거래 없이 상가철수를 조건으로 채무면제를 하고 수취한 세금계산서임을 확인하여 처분청에 이를 통보하였고, 처분청은 쟁점1세금계산서 중 쟁점1처분 당시 매입세액을 불공제하지 않았던 나머지 555,805,535원 부분의 매입세액을 불공제하여 2006.4.18. 청구인에게 2001년 1기 부가가치세 108,187,540원(이하 “쟁점2처분”이라 한다)을 추가로 경정고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2006.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 재조사결과 통지서를 송달한 후, 과세전적부심사 청구기한 전에 쟁점2처분을 납세고지하여 청구인의 쟁점1,2처분에 대한 과세전적부심사를 청구할 기회를 봉쇄하였으므로 이는 위법한 과세처분이다.

(2) 쟁점1처분은 OOO지방국세청장이 이의신청을 통해 청구인의 주장이 일부 이유있다 하여 재조사결정하여 재조사한 결과, 잘못된 처분임을 처분청도 인정하였고, 쟁점2처분은 재조사결정의 범위를 초과한 새로운 처분이므로 이는국세기본법 제81조의 3규정의 중복조사금지 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

(3) 쟁점1세금계산서는 OOO로부터 경양식당에 대한 운영권 및 주방용기구 등 잡기·비품을 실지로 공급받고 수취한 세금계산서이고, 쟁점2세금계산서는 청구인 작성 확인서 및 세금계산서불부합자료를 근거로 매입세액을 불공제한 것이므로 이는 과세요건을 충족하지 못한 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점1처분 중 쟁점2세금계산서의 매입세액을 불공제한 부분에 대한 심판청구는 당초 이의신청에서 기각결정된 부분이므로 청구기간을 도과한 위법한 심판청구이다.

(2) 과세전적부심사사무처리규정 제7조에 의하면, 불복청구와 과세전적부심사청구 결정의 재조사에 따른 통지를 과세전적부심사 대상에서 제외하고 있으므로 이 부분에 대한 청구인의 주장은 이유없다.

(3) 이 건 재조사는 당초 이의신청 재조사결정의 범위에서 벗어나지 않았으며 다만, 사실관계만 달리하여 쟁점2처분을 추가로 한 것이므로 중복조사금지원칙에 반한 위법한 처분이라 할 수 없다.

(4) 제반자료를 살펴보면, 청구인이 OOO로부터 상가관리용역 등을 실지로 공급받았다거나 OOO로부터 경양식당 운영권 등을 실지로 공급받았다고 보기 어려우므로 쟁점1,2세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 이 건 심판청구 중 쟁점2세금계산서의 매입세액을 불공제한 부분이 청구기간을 준수한 적법한 청구인지 여부

② 이 건 세무조사조사결과 통지가 과세전적부심사의 대상인지 여부

③ 중복조사금지 원칙에 위반하였는지 여부

④ 쟁점1,2세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)국세기본법 제61조【청구기간】

① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제6항 단서의 규정에 의한 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 경과한 날부터 심사청구를 할 수 있다.제68조【청구기간】

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항의 규정을 준용한다.제81조의 10【과세전적부심사】

① 다음 각호의 1에 해당하는 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다)를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여는 국세청장에게 이를 청구할 수 있다.

1. 제81조의 7의 규정에 의한 세무조사결과에 대한 서면통지

2. 기타 대통령령이 정하는 과세예고통지제81조의 3【세무조사권 남용 금지】

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

(2) 부가가치세법제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 사건 심판청구 중 쟁점1처분에 대한 심판청구가 본안심리 대상인지 여부에 대하여 직권으로 살펴본다. (가) OOO지방국세청장의 이의신청결정서(2006.1.23.) 등에 의하면, 청구인은 2005.11.7. 쟁점1처분에 대하여 OOO지방국세청장에게이의신청을 제기하였고, OOO지방국세청장은 2006.1.23. ‘청구인이 2001.6.30.OOO로부터 수취한 세금계산서는 청구인이 OOO로부터 공급받은 용역의 내역, 청구인과 OOO가 작성한 관리용역계약서의 내용, 청구인이 2000년 2기～2001년 1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO에게 지급한 금액의 내역 등을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다’라는 이의신청결정을 하였다. (나) OOO세무서장의 개인제세 재조사 종결 보고서(2006.3.15.) 및 세무조사결과 통지서(2006.3.21.)와 국내등기/소포우편(택배) 조회OOO 등에 의하면, OOO세무서장은 OOO지방국세청장의 위 이의신청결정에 따라 쟁점1세금계산서에 대하여 재조사한 결과, 쟁점1세금계산서 모두 재화·용역의 공급 없이 수취한 세금계산서임을 확인하여 ‘쟁점1세금계산서의 매입세액을 불공제한다’는 취지의 세무조사결과통지서를 청구인에게 발송한 사실 및 2006.4.12. 청구인의 동료 노병기가 위 세무조사결과 통지서를 수령한 사실을 각 확인할 수 있고, 당해 심판청구서에 의하면, 청구인은 2006.7.14. 심판청구를 제기하였음을 알 수 있다.

(다) 한편,처분청이 이의신청 결정에 따른 재조사경정을 하여 청구인에게 경정내용을 통보하기 전까지는 청구인은 그 결과를 알 수 없고, 그 결과에 대하여 승복할 것인지 또는 다시 불복할 것인지 여부도 결정할 수 없는 상태에 있으므로,위법ㆍ부당한 과세처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고, 또한 재결기관의 재조사결정에 의한 처분청의 경정내용이 납세자의 불복취지 및 재결기관의 재조사결정취지에 부합한지 여부에 대하여 이를 각 재결기관에서 심리할 수 있는 자기시정의 기회를 부여하는 것이 합당하다는 점에서 재결기관의 ‘재조사결정’에 따른 경정이 있는 경우에는 그 결정통지서를 수령한 날을 기준으로 청구기간내에 불복청구를 할 수 있는 것으로 보아야 할 것이다OOO(라) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점1처분의 경우 이의신청결정에 따른 재조사에 대한 세무조사결과 통지서가 송달한 날부터 90일 이내인 2006.7.11.까지 심판청구를 제기하였어야 함에도 그로부터 3일이 경과한 2006.7.14. 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구 중 쟁점1처분 부분은 청구기간을 경과한 부적법한 청구로 판단된다. (마) 쟁점1처분에 대한 심판청구가 부적법한 것으로 판단되는 이상 쟁점

① 및 쟁점②,③,

④ 중 쟁점1처분 부분은 심리의 실익이 없어 이에 대한 심리를 생략하고, 이하 쟁점2처분에 대하여 심리하기로 한다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 청구인이 2006.4.12. 이 건 세무조사결과 통지서를 송달받은 사실은 앞에서 살펴본 바와 같고, 남OOO 작성의 납세고지서 수령 확인서(2006.4.18.) 등에 의하면, 청구인의 직원인 남OOO이 2006.4.18. 쟁점2처분의 납세고지서를 수령하였음을 알 수 있다.(나)국세기본법 제81조의 10제1항 제1호 규정에 의하면, 세무조사결과 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 20일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있는 것으로 규정하고 있는 한편, 과세전적부심사사무처리규정 제7조 제1항 제1호 규정에 의하면, 과세전적부심사청구를 할 수 있는 자를 세무서장 또는 지방국세청장으로부터 세무조사결과통지서(현지확인에 따른 결과에 따른 통지는 제외한다)를 받은 자로 규정하여 불복청구 결정의 재조사 결과에 따른 통지를 과세전적부심사 대상에서 제외하고 있다.(다) 청구인은 이 건 세무조사결과 통지서를 송달받은 날인 2006.4.12.부터 20일 이내에 과세전적부심사청구를 할 수 있음에도 처분청은 그로부터 6일째인 2006.4.18. 청구인에게 쟁점2처분을 납세고지하여 청구인의 과세전적부심사청구를 할 기회를 박탈하였다고 주장하나,살피건대, 과세전적부심사사무처리규정 제7조 제1항 제1호 규정에서 불복청구 결정의 재조사 결과에 따른 통지를 과세전적부심사 대상에서 제외하고 있고, 청구인이 송달받은 위 세무조사결과통지서는앞에서 살펴본 바와 같이 이의신청결정에 따라 OOO세무서장이 재조사를 한 결과를 통지한 것이어서 이는 과세전적부심사의 대상에서 제외된다 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) OOO지방국세청장은 2003.1.23. 쟁점1세금계산서에 대하여 청구인이 OOO로부터 공급받은 용역의 내역, 청구인과 OOO가 작성한 관리용역계약서의 내용, 2000년 2기～2001년 1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO에게 지급한 금액의 내역 등을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 이의신청결정을 하였음은 앞에서 살펴본 바와 같다. (나) OOO세무서장의 위 개인제세 재조사 종결 보고서 등에 의하면, OOO세무서장은 위 이의신청결정에 따라 2006.2.20.～12.31. 기간 동안 쟁점1세금계산서와 관련하여 청구인이 2000년 2기～2001년 1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO로부터 용역을 제공받았는지 여부에 대하여 재조사한 결과, 청구인은 OOO로부터 경양식당 운영권 등 재화·용역을 공급받은 것이 아니라 원만한 상가철수를 조건으로 채무면제를 하고 쟁점1세금계산서를 수취한 것임을 확인하였고, 처분청은 위 재조사 결과에 따라 쟁점1세금계산서 중 쟁점1처분 당시 불공제하지 않았던 나머지 555,805,535원 부분의 매입세액을 추가로 불공제하여 쟁점2처분을 경정고지하였던 것으로 나타난다. (다) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, OOO세무서장이 청구인에게 한 위 세무조사는 OOO지방국세청장의 이의신청결정에 따라 재조사한 것으로 그 조사한 내용이 이의신청결정에서 정한 재조사범위에서 일탈하였음을 인정할 만한 사정이 보이지 아니하므로, 비록 위와 같이 재조사한 결과, 당초 쟁점1처분과 사실관계를 달리하여 쟁점1세금계산서 전체가 사실과 다른 세금계산서임이 인정되어 추가로 쟁점2처분이 경정고지되었다 하더라도국세기본법 제81조의 3제2항 규정의 중복조사금지원칙에 반한 위법한 처분이라 할 수 없다.

따라서, 이 부분에 대한 청구인의 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다. (가)청구인은 2001.6.30. OOO가 쟁점상가에 설치·운영한 경양식당 등 운영권 및 주방용 기구 등 각종 집기·비품 등을 1,624,385,552원(공급가액)에 OOO로부터 양수하되, 그 대금은 OOO에 대한 청구인의 대여금채권(채권가액1,824,902,907원)과 대등액에서 상계하고 쟁점1세금계산서를 수취한 것이라고 주장한다. (나) OOO의 2001.12.31. 기준 대차대조표 등에 의하면, 청구인이 2001.6.30. OOO로부터 양수하였다는 집기·비품 등은 2001.12.31. 현재 OOO의 자산으로 계상되어 있음이 확인된다. (다) 청구인은 OOO로부터 양수한 경양식당 운영권 및 집기·비품 일체를 이OOO에게 다시 임대하였다고 주장하면서, 청구인과 이OOO이 작성한 임대차계약서(2001.7.1.) 등을 관련증빙으로 제시하나, 위 이OOO은 OOO의 지분 35%를 소유하고 있음이 국세통합전산망 자료를 통해 확인되는 점에 비추어 볼 때, 이러한 사정만으로 청구인이 OOO로부터 식당 등 운영권 및 주방용 기구 등 각종 집기·비품 등을 양수하였다고 인정하기 부족할 뿐만 아니라, 청구인 주장과 같은 내용의 양수사실을 직접적으로 입증할 만한 서면계약서 등 기타 객관적 증빙을 제시하지 못하고 있다. (라) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, OOO로부터쟁점상가에 설치·운영한 경양식당 등 운영권 및 각종 집기·비품 등을 양수하였다는 청구인의 주장은 위와 같은 양수사실을 인정할 만한 객관적인 증빙의 제시가 없는 점 및 OOO의 대차대조표상 위 집기·비품 등이 OOO의 자산으로 계상되어 있는 점 등을 비추어 볼 때, 신빙성이 없어 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 쟁점1세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점1세금계산서 중555,805,535원 부분의 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.