근거과세의 원칙을 위배하여 위법한 처분인지 여부

처분청은 청구법인이 거래형태별로 소명한 내역을 감안하여 차량매매거래내역을 도매거래와 중개거래(위탁매매)로 구분하여 각각 차량매매대금 및 차량매매대금에서 매입원가를 제외한 금액을 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 소재에서 중고자동차 도소매업을 영위하는 법인으로 사고차량 및 사용연수가 경과된 차량을 매입하여 판매하거나 폐차용으로 처분하는 방식으로 사업을 영위하였다.

나. OOO서장은 2021.6.30.부터 2022.4.4.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 2016∼2020사업연도 기간 동안 차량 판매와 관련된 매출누락금액 합계 OOO원을 적출하여 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO원 및 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였고, 청구법인 지점 사업장(상호 OOO 폐차산업) 소재지 관할 OOO서장에 관련 과세자료를 파생하였으며, OOO서장은 2022.5.23. 청구법인 지점 사업장에 부가가치세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

＜표1＞

이 건 부과처분 상세내역

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※ 2016사업연도 법인세 부과처분의 경우 별도로 심판청구를 제기하지 아니함(불복기한 도과)다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인의 2016∼2020사업연도 기간 동안 57,481건의 중고차 차량매매거래내역 중 26,310건에 대하여는 중고차 매각대금에서 차량구매원가를 차감한 수수료(순액)에 대하여 부가가치세 과세표준을 산정하고, 나머지 31,171건에 대하여는 중고차 매각대금(총액)을 부가가치세 과세표준으로 산정하여 이 건 부가가치세 부과처분을 하였으나, 각 사업연도별 거래건수 대비 순액 및 총액을 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정한 비율이 각각 상이하고, 일부 같은 거래처의 중고차 거래내역에 대하여 각각 다른 부가가치세 과세표준 산정방식을 적용하였는바, 이는 자의적인 구분에 따라 부가가치세 과세표준을 산정하여 이 건 부과처분을 한 것이므로 이는 근거과세의 원칙을 위배한 위법ㆍ부당한 과세처분이다.

＜표2＞

사업연도별 부가가치세 과세표준 산정방식 적용비율

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(2) 실제 청구법인의 모든 자금거래를 청구법인 명의의 사업용 계좌를 통해 거래하여 일체의 자금을 부당하게 사외유출하거나 개인적으로 유용한 사실이 없고, 처분청도 2016∼2020사업연도 기간 동안 거액의 매출누락금액을 적출하였으나, 매출누락금액에 대하여 별도의 상여처분을 한 사실도 없으며, 영세한 중소기업인 청구법인이 과거의 수많은 거래내역에 대하여 모든 자료를 구비하여 사실관계를 입증하는 것에는 현실적인 어려움이 있는바, 처분청의 이 건 처분은 근거과세의 원칙에 위배된 처분으로서 위법ㆍ부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은 청구법인으로부터 제출받은 차량매매거래내역을 기준으로 청구법인의 2016∼2020사업연도 매출누락금액을 산정하고 대응되는 부대원가를 고려하여 법인세 및 부가가치세 부과처분을 하였는바, 이는「국세기본법」제16조제1항에 따라 장부 및 증거자료에 의하여 부과처분을 한 경우에 해당하므로 근거과세의 원칙을 위배한 처분에 해당한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인의 중고차 거래내역에 대한 기록(차량매매거래내역)과 거래내역별 청구법인의 소명 내역을 고려하여 매출누락금액 및 과세표준을 산정하여 이 건 부과처분을 하였는바, 처분청이 한 이 건 부과처분은 적법하다.(가) 처분청은 청구법인으로부터 중고차 거래내역이 기재된 전체 차량매매거래내역상 각 거래 내역에 대하여 거래 형태별(매입ㆍ매출 목적 등)로 구분하고 거래 형태별로 부가가치세 과세표준 산정방식에 대한 소명을 받은 후 이를 검토하여 부가가치세 과세표준을 산정하였다.

＜표3＞

중고차 거래형태별 부가가치세 과세표준 산정방식

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ㅇ(나) 청구법인은 처분청이 자의적인 판단에 의하여 부가가치세 과세표준을 산정하였으므로 이 건 부과처분이 근거과세의 원칙을 위배한 처분에 해당한고 주장하나, 처분청은 위 ＜표3＞의 거래형태별 부가가치세 과세표준 산정방식을 적용함에 있어 청구법인으로부터 개별거래별 소명을 받아 이를 고려하여 청구법인에게 유리하도록 부가가치세 과세표준을 산정하였는바, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 부과처분이 근거과세의 원칙에 위배된 처분으로서 위법.부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제16조(근거과세)

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

(2) 법인세법제4조(실질과세)

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

(3) 부가가치세법제10조(재화 공급의 특례)

⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.제29조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우 : 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

5. 제10조 제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우 : 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액

6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액

2. 환입된 재화의 가액

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손되거나 훼손되거나 멸실한 재화의 가액

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

5. 공급에 대한 대가의 지급이 지체되었음을 이유로 받는 연체이자

6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액제57조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 이 건 세무조사 당시 청구법인이 매입.매출한 중고차 거래별 차량 취득원가 및 매매가액 등이 기재된 차량매매거래내역자료를 제출하였고, 각 거래유형별로 도매거래 및 유통거래로 구분하여 차량매매대금 및 유통마진(차량매매대금-부대원가)을 기준으로 부가가치세 과세표준으로 산정하여야 한다고 소명하였다.

＜표4＞

청구법인의 확인서 및 거래형태별 소명내역

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(2) 처분청은 청구법인이 제출한 차량매매거래내역 중 도매거래에 해당하는 거래형태(당사이전, 수출말소, 이전당사폐차, 이전회원사폐차 및 당사폐차)의 경우 차량 매각대금(총액)을 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정하고, 구매대행(위탁매매)과 유사한 거래형태(회원사이전 및 회원사폐차)의 경우 차량 매매대금에서 취득원가를 차감한 금액(순액)을 기준으로 부가가치세 과세표준 산정한 것으로 확인된다.

＜표5＞

거래형태별 부가가치세 과세표준 산정 기준(처분청 제출)

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 차량매매거래내역을 기준으로 처분청이 한 이 건 부과처분이 근거과세원칙을 위배한 것으로 위법하다고 주장하나, 일반적으로 납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙 등에 의함이 원칙이겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 경정할 수 있다고 할 것이고, 세무조사 과정에서 작성된 자료가 과세의 근거가 될 수 있는 사유가 기재되어 있다고 하여 바로 그 다른 자료의 하나로 삼을 수는 없는 것이나, 그 작성의 경위 및 내용을 검토하여 당사자나 관계인의 자유로운 의사에 반하여 작성된 것이 아니고 그 내용 또한 과세자료로서 합리적이어서 진실성이 있다고 인정되는 경우에는 실지조사의 근거가 될 수 있는 그 다른 자료의 하나로 삼을 수 있다고 할 것인바(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결 참조), 이 건 세무조사 당시 청구법인이 제출한 차량매매거래내역에는 청구법인의 중고차 매입원가와 매출가액이 기재되어 있고, 청구법인이 거래형태별로 소명한 내역을 감안하여 차량매매거래내역을 도매거래와 중개거래(위탁매매)로 구분하여 각각 차량매매대금 및 차량매매대금에서 매입원가를 제외한 금액을 기준으로 부가가치세 과세표준을 산정한 것으로 나타나는 점, 처분청이 청구법인으로부터 제출받은 차량매매거래내역을 기준으로 매출누락금액으로 산정하여 부과처분을 한 것으로 나타나는 반면 청구법인이 제출한 차량매매거래내역 등을 부과처분의 근거자료로 삼을 수 없다는 것에 대한 특별한 사정을 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인이 제출한 차량매매거래내역을 기준으로 부가가치세 및 법인세

과세표준을 산정하여 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.