청구인이 쟁점법인의 주식을 양도하면서 양수인으로부터 받은 금액 전체를 쟁점법인 주식의 양도대가로 보아 과세한 처분의 당부

쟁점주식 양수도계약서에 매매대상인 쟁점주식과 매매대금은 기재되어 있으나 쟁점채권은 기재되어 있지 않은 점, 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 투자회사와의 계약서에는 채권 관련 내용이 나타나지 않으나, 세무조시 제출된 계약서에 채권 관련 문구가 포함되어 있는 등 청구주장을 신뢰하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 양도소득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2020.4.27. 부동산컨설팅업을 영위하는 ㈜A(청구인이 대표이사이고, 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 총 4,580,323주(청구인 소유의 주식으로 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 B와 C에게 양도하면서 OOO원을 수령한 후 이 중 OOO원은 쟁점주식의 대가이고, 나머지 OOO원은 청구인의 쟁점법인에 대한 가수금 채권(이하 “쟁점채권”이라 한다)에 대한 대가로 하여 쟁점주식의 양도거래에 대한 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 쟁점주식 양도거래에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점법인에 대여한 청구인의 쟁점채권이 존재하지 않고 청구인이 양수인으로부터 수취한 OOO원 전액이 쟁점주식의 양도대가에 해당한다고 보아 2025.11.5. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2009년 설립된 쟁점법인에 다년간 재직하였고, 2018년 초 쟁점법인을 모회사인 D.(이하 “투자회사”라 한다)가 영업종료 후 폐업하려고 하자 지인(E 공인회계사)으로부터 쟁점법인이 많은 장점이 있다는 조언을 듣고 쟁점주식과 대여금채권(쟁점채권 포함)을 청구인이 양수하는 조건으로 쟁점주식과 대여금채권을 인수하였다.

(2) 한편, 처분청은 2025년 세무조사를 실시하여 청구인이 투자회사로부터 양수한 채권이 존재하지 않는다고 보았으나, 쟁점채권은 투자회사와 청구인이 쟁점법인에게 직접 현금으로 대여한 것이므로 이를 근거없이 부인한 처분은 위법하다.

(3) 쟁점법인이 매년 법인세 신고 시 제출한 재무상태표와 관계회사차입금 및 대표이사 가수금 계정별원장을 보면 쟁점채권이 확인가능하므로 이를 부인하고 이 건 양도소득세 등을 부과한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인과 쟁점주식의 양수인이 작성한 계약서를 보면 OOO원을 지급하고, 쟁점주식 및 쟁점법인의 운영권을 양수도한다는 내용만 나타날 뿐 쟁점채권과 관련한 내용은 확인되지 않으므로 OOO원은 쟁점주식에 대한 양도대가에 해당한다.

(2) 청구인은 세무조사 당시 쟁점채권과 관련하여 쟁점법인에게 지급한 가수금이 없었다고 진술하였고, 이를 확인하는 확인서도 작성한 바 있다.

(3) 청구인은 세무조사 당시(2025년) 투자회사와 작성한 쟁점법인 주식 양도양수 계약서를 제출하였고, 청구인이 2020년에 제출한 계약서와 비교해 볼 때 “and Claims the Company”라는 문구가 사후적으로 추가된 사실이 확인되는 등 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 양수인으로부터 받은 금액 전체를 쟁점주식의 양도대가로 보아 양도소득세 등을 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제14조(실질과세)

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점주식의 양수도계약서(2019.12.8.)를 보면 쟁점주식을 양수인에게 양도하고, OOO원을 양수인이 양도인에게 지급한다는 내용이 나타나며, 쟁점채권과 관련한 내용은 확인되지 않는다.

＜표1＞

쟁점주식 양도양수계약서 중 일부

○○○

(나) 청구인이 제출한 확인서는 아래 ＜표2＞와 같고, 확인서를 보면 청구인은 쟁점주식을 양도하면서 쟁점채권의 양도에 대해서는 알지 못하였으며 쟁점채권 양도와 관련하여 양수인측(B)에서 주도하였다고 기재한 내용이 나타난다.

＜표2＞

청구인 작성 확인서

○○○

(다) 청구인에 대한 심문조서 작성 당시 청구인은 ⅰ) 쟁점법인에 가수금을 지급한 사실이 없고, ⅱ) 투자회사도 쟁점법인에 대한 채권을 포기하였으며, ⅲ) M＆A발전소라는 업체의 지시에 따라 쟁점주식 양수도거래를 하였다고 진술하였으며, 주요 내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

세무조사 당시 청구인 진술내용 중 일부

○○○

(라) 청구인이 2020년 당시 제출한 투자회사와 작성한 계약서와 달리 2025년 세무조사 당시 제출된 계약서에는 ‘and Claims the Company’라는 문구가 포함되어 있으며, 처분청은 이를 근거로 청구인이 세무조사 당시 계약서의 문구를 사후로 추가하였다는 의견이다.

＜표4＞

청구인과 투자회사가 작성한 양도양수계약서상 문구 차이

○○○

(마) 쟁점법인의 계정별원장을 보면 아래 ＜표5＞와 같은 ‘관계회사 장기차입금’과 ‘가수금’내역 등이 나타난다.

＜표5＞

쟁점법인의 계정별 원장 중 일부

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인에 청구인의 가수금 채권이 있었고, 양수인으로부터 받은 대가 중 일부는 해당 가수금 채권에 대한 변제이므로 이에 대한 양도소득세 부과처분은 위법·부당하다는 의견이나,처분청의 세무조사시 청구인이 쟁점법인을 투자회사로부터 인수할 당시 투자회사가 쟁점법인에 대한 채권을 포기하였다고 진술한 점, 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 투자회사와의 계약서에는 쟁점채권 등 관련 내용이 나타나지 않으나, 세무조사시 제출된 투자회사와의 계약서에 채권관련 문구(and Claims the Company)가 포함되어 있는 등 청구주장을 신뢰하기 어려워 보이는 점, 쟁점주식 양수도 계약서에 매매대상인 쟁점주식과 매매대금 OOO원은 기재되어 있으나 쟁점채권은 기재되어 있지 않은 점 등에 비추어, 청구인의 쟁점법인에 대한 쟁점채권 등이 존재한다고 보기 어려우므로 이 건 양도소득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.